Emmy Werner wurde am 13. September 1938 in Wien in eine Familie von Theaterschaffenden geboren, ihr Vater war der bekannte Schriftsteller und Textautor von Wienerliedern, Prof. Hans Werner, der für seine Verdienste um das Urheberrecht den Professorentitel und das Silberne Ehrenzeichen der Stadt Wien erhielt. Sie besuchte das Mädchen-Realgymnasium im 19. Bezirk in der Billrothstraße absolvierte nach der Matura eine Schauspielausbildung bei Otto Kerry, Maria Luise Rainer und Eduard Volters. 1959 heiratete sie den Schauspieler und Regisseur Georg Lhotsky und bekam ihren Sohn Alexander Lhotzky.
Als Schauspielerin hatte Emmy Werner Engagements am Theater der Jugend, Theater Die Tribüne, Theater in der Josefstadt, Volkstheater, Theater der Courage sowie im Fernsehen und Hörfunk. Darüber hinaus arbeitete sie auch als Dramaturgin und Regisseurin für Theater, Film und Fernsehen und gestaltete eigene Spieldokumentationen. 1980 gründete sie das Theater in der Drachengasse und übernahm bis 1987 die Leitung, während dieser Zeit wurde das Theater mehrmals als beste Kleinbühne ausgezeichnet.
Ab Januar 1988 war Emmy Werner in der Geschäftsführung des Volkstheaters Wien tätig, ab September 1988 bis Ende der Spielzeit 2004/2005 war sie die künstlerische Direktorin des Volkstheaters und somit die erste Frau an der Spitze eines Theaters dieser Größe im deutschsprachigen Raum. Für ihre Regiearbeiten erhielt sie mehrere Auszeichnungen, darunter 1993 den Karl-Skraup-Preis für „Was geschah, nachdem Nora ihren Mann verlassen hatte oder Stützen der Gesellschaft“ von Elfriede Jelinek.
Emmy Werner erhielt zahlreiche Ehrungen für ihre Leistungen in Kunst und Kultur, darunter 1994 die Ehrenmedaille der Stadt Wien in Gold, 1998 das Österreichische Ehrenkreuz für Wissenschaft und Kunst I. Klasse, 2005 das Goldene Ehrenzeichen für Verdienste um das Land Wien und 2006 wurde ihr das Große Silberne Ehrenzeichen für Verdienste um die Republik Österreich verliehen. 2005 wurde sie nach Ende ihrer Direktionszeit zum Ehrenmitglied des Volkstheaters Wien ernannt. Seit 2006 arbeitet Emmy Werner als freischaffende Künstlerin und führte u. a. Regie am Landestheater Linz, am Gärtnerplatztheater in München, am Landestheater Niederösterreich oder bei den Raimundspielen Gutenstein. Als Hommage an das Schaffen ihres Vaters produzierte sie die CD „Unser [ve:ana]* Patent – Weana. Werner. Lieder.“